PubMed（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed）为美国国立医学图书馆的附属单位美国国立生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information, NCBI）及其协作单位共同开发研制的生物医学文献检索系统，是NCBI研发的大型检索系统Entrez的一部分。
PubMed数据库最早可回溯到17世纪60年代创刊的印刷本检索刊物 Index Medicus（美国《医学索引》，简称IM）。
《IM》由美国内战期间的一位军中外科医生（后负责军中图书馆工作，该图书馆为美国国立医学图书馆前身）Dr.JohnShawBillings在私人财团的资助下创建，于1879年开始刊行，月刊，定期报道医学信息。1960年，美国国立医学图书馆接任了IM的编辑工作。1964年，美国国立医学图书馆在全面接任IM的编辑与出版工作后，在印刷版《IM》的基础之上，对数据进行了计算机处理，并补入更多内容，建成医学文献分析与检索系统（Medical Literature Analysis and Retrieval System,MEDLARS）。1966年，开发了联机版Medline（MEDLINE），即MEDLARS Online，并于1971年开始公开对外发布，提供联机服务。
1982年，光盘版Medline问世。20世纪90年代以后，美国国立医学图书馆下属的生物信息技术中心（NCBI）及其协办单位在Medline的基础之上，开发了网上免费生物医学数据库PubMed。于1997年开始在网上免费供用户使用。
数据库特点
（一）检索界面友好、检索功能完备
PubMed支持自然语言和人工语言检索。其词语自动转换功能（Automatic Term Mapping）可将输入词自动转换到相应字段进行查检，着眼于一般用户的使用。同时，该库还提供能够构建复杂表达式的较为专业的检索途径与方法，以满足不同检索者的需求。
（二）数据更新快
PubMed的数据更新频率为24小时，“PubMed-in Process”和“PubMed-as Supplied by publisher”库从周二到周六的每个工作日都有新进入数据。
（三）建立多种链接
PubMed为每条记录建立了多种链接，为满足不同的检索需求提供了便利。其中的全文链接功能为每条记录提供了全文获取信息，用户可据此链接到提供全文的数据库、网址、供应商、在线期刊、图书馆等。
（四）辅助功能完备
PubMed编制了文本、视频等多种格式的在线用户指南，使用户可以尽快了解该库的检索功能及具体使用方法。同时，为用户个性化要求考虑，该库的“MyNCBI”可实现种类多样的个性化设置。
PubMed的收录范围
PubMed的数据每日更新，内容涉及普通医学、护理学、牙科学、兽医学、卫生保健及医学研究。其数据主要由以下几个部分组成：
（一） Medline
Medline最早指代其联机或光盘检索系统，收录世界上70多个国家的5000多种生物医学期刊，其中半数以上为美国国内学术期刊，89%为英文文献。其内容除包括全部的印刷版《IM》外，还收有护理、牙科、艾滋病等方面内容。所收之出版物主要为学术期刊，为满足一些特殊用户的需求，也收入少量报纸、时事通讯等载体上刊载的医学信息。
PubMed收录Medline的全部内容，这部分数据带有“PubMed-indexed for MEDLINE”的标识。在PubMed中，Medline指已经经过人工标引的部分。其优点是无论使用自然语言还是人工语言，均可查到。
（二） OLDMEDLINE
此库专门收录早期文献，始建于1996年，由NLM与德国的世界MEDLARS中心（DIMDI）共同协作建成。以早期印刷版《IM》索引为主要收集对象，收录1965之前的医学文献。
（三） PubMed-in Process
指未及加工、标引的新文献，也被称为PreMedline。这部分文献标引完成后正式进入PubMed，其标识将由“PubMed-in Process”变成“indexed for MEDLINE”。
（四） PubMed-as Supplied by publisher
指由出版商直接传输过来的电子文献。这些文献在PubMed决定正式收录后，进入未标引库（“PubMed-in Process”）等待标引，同时抹去“PubMed-as Supplied by publisher”标识。
（五） PMC
美国国立医学图书馆的免费全文电子期刊PMC（PubMedCentral）上发表的文献。
（六）其他
部分载有生命科学文献的Medline期刊（如一些科学通论期刊和化学期刊）未收入的文献，如板块构造学和天体物理学方面的文章。
