病例来源可以是社区居民中的某病患者（基于人群），也可以是在医院就诊的患者（基于医院）。选择的病例首先要力求符合公认的诊断标准，保证病例的诊断准确无误，有时甚至要求疾病的病理分型也相同。对诊断有疑问的患者不应纳入病例组中。在选取病例时，尽可能选取病因学上同源的一组个体。病例一般可分为3种类型，即发病病例、患病病例和死亡病例。
在病例对照研究中，研究危险因素的设计应该选择发病病例，研究预后因素的设计可能选择患病病例或者死亡病例。
发病病例有患病病例和死亡病例所不具备的优点：
①发病时间更接近于病因暴露时间，病例能更好地回忆自己的有关经历和暴露史，并且容易得到就近的病历资料、职业暴露或其他记录；
②发病病例能自己回答问题，比死亡病例靠亲友、家属回答要准确得多；
③发病病例刚被确诊就接受调查，尚未受到各种生存因素的影响，而患病病例是以往确诊的大批发病病例中的幸存者，如果某种因素对生存有影响的话，则可能导致错误的结论；
④如果发病病例收集完全的话，我们可以得到某种疾病的发病率。在选择病例时，所选病例对目标人群应有较好的代表性，应包括轻重各型病例。
