巢式病例对照研究（nested case-control study）集中了病例对照研究和队列研究的优点。
首先，按照队列研究的方式进行。选择一个人群，收集基线资料，同时采集研究所需的生物学标志的组织或体液标本储存备用，然后开始随访，记录各种临床结果，或者研究者关注的临床结果。
其次，将这个队列中产生的病例作为病例组，按病例进入队列的时间、疾病出现的时间与性别、年龄等作为匹配条件，从该队列中选择1个或数个非病例作对照，同时抽取病例与对照的基线资料并检测收集的标本。
最后，资料的处理与分析按匹配病例对照研究进行。
