与病例组相比，对照组的限定、选择和招募更困难。理想的对照组可能并不存在，病例对照研究最普遍的问题就是对照组存在潜在偏倚。
应该依照入选和排除标准规范，像选择病例组一样，从一个明确定义的群体中选择对照组，并保证这些对照组无疾病。对照组原则上应与病例组有同一来源，即来自同一地区、同一社区中未患所研究疾病的居民（人群对照），或同一医院中未患所研究疾病的其他患者或健康体检者（医院对照）。
当病例来源于某个人群时，选取一般人群对照可以保证与病例组高度可比，使研究结果有较高的普遍性。但这种人群对照所花费人力、物力较大，所选中的个体常常不予合作或不易找到，应答情况比其他类型的对照差。
选取医院患者作对照时，通常较为可靠，他们有充裕的空闲时间并且能够合作。选择医院患者作对照时，还可以使病例和对照组间决定住院的因素相似。
医院对照的一个严重缺陷，就是对照可能因为某个与病因学特征有关的条件而有选择性地入院（如本案例中消化性溃疡病例入院，同样与幽门螺杆菌感染有关，应该排除此类对照），并且这种选择性倾向和病例是不同的，就会产生偏倚。
医院对照还可能因病种不同，对照和病例回忆时的思维内容也不相同，例如肺癌患者可能更注重于回忆其吸烟史等，而胃癌患者可能更注重回忆其饮食方面的变化。对于某项具体的病例对照研究，是选择人群对照，还是选择医院对照，不能一概而论，要根据研究的具体情况，如病例的来源、性质、选择个体的方法等而定。
