古医籍文献是中医学重要的信息源，对古医籍的研究，重要的是发掘性、应用性研究。常见的古医籍整理方法如下：
1.点校（proofreading） 是对古医籍点读、校订的简称，亦称校点。它是编辑加工古籍，使其成为可靠的、便于阅读的出版物的基础性工作。一部古籍大多有几种版本，出版者须选用较好的本子作为底本。所谓“较好”是相对的，也会有刊刻错误或被刻书人妄改的地方。为了使古籍可靠、正确，就需要校订。校订一般分内校和外校。内校是据原书上下文义加以订正；外校则参考其他版本或材料，比较审定。
2.训释（annotation） 指训诂和注释。古医籍文献的训释，指对古医籍文献语言文字和医药义理的训诂和注释。训诂以语义诠释为主；注释包括训词、释义、析句、注音、辨字、校勘、句读、呈现修辞、考校典章制度等。训诂与注释的含义不同，但相互为用，均欲通过对古医籍文献的语言文字和医学义理解释阐发，以使读者准确领悟原文主旨。
3.笺正 笺是训释的一种形式，一般既注正文，也注前人之注，凡言正者，常有对某种学说或前人说解进行议论订正之义。如明代张介宾的《本草正》，除对药物性味、功用、配伍、禁忌、制法等加以阐释外，还对前人的错误论述加以订正。
4.今译 是逐字逐句将古籍翻译成通俗易懂的现代汉语，以利于古医籍的普及。但今译又不可能做到十分精确，要做到信、达、雅，难度很大。今译需要以注作为基础，提高今译的质量。今译将成为现代普及的古医籍整理形式之一。
5.辑佚 佚，通“逸”，即散失之意；佚书，也称“逸书”，泛指已经散失的书。有许多古医籍虽然已经散失，但并不是无迹可寻。有些佚书的内容曾被同时代或后代的古籍抄录、印证和整理，有的甚至还保留了原书的体例或目录，这些保留下来的文字，文献学上称为佚文。辑佚，也称“辑逸”，是集录散佚的有关资料。作为文献整理工作的一部分，辑佚指根据现存文献中存留的各种佚文，通过搜集摘录、考校整理、汇编等工作，使佚书全书或部分复原。
6.汇编（assembly） 把某一方面或某一专题的资料按一定的方法进行编撰，以供阅读或翻检的资料性参考书，称汇编，是古医籍整理、结集的一种新形式。
