二阶段交叉试验设计将试验分成两个阶段，在I阶段，随机地将一半试验对象接受检验药物（序列1），另一半对象接受参考药物（序列2）；
由于交叉试验处理间的差别是在受试者内进行比较，允许受试者之间有较大的个体差异，特别是适用于不易控制个体差异的临床试验。
一个较为严格的限制条件时没有剩余效应（又称遗留效应、残留效应、延迟效应或延滞效应），或各处理的剩余效应相等。
为了保证这点，每两个阶段间停止试验一段时间为清洗期，以消除I阶段的影响；在II阶段，将I阶段接受检验药物的，改为参考药物（序列1），I阶段接受参考药物的，改为检验药物（序列2）。
医学临床研究中，交叉试验设计多用于止痛、镇静、降血压、抗风湿等缓解症状的药物或治疗方法间的疗效比较。
