实验动物分组后，为了区分、观察并记录每个个体的反应情况，应给每只动物进行编号标记。好的标记方法应满足标号清晰、耐久、简便、适用、无明显损伤、无毒和易辨认等要求。常用动物编号标记方法有多种，实验者需按不同的实验加以选择应用。
1.染色标记法
实验室中最常用，也很方便，常用化学药品涂染动物背部或四肢定部位的皮毛，代表一定的编号。
（1）常用染料：实验动物常用的标记染料有：①红色：0.5%中性红或品红溶液；②黄色：3%～5%苦味酸溶液；③咖啡色：2%硝酸银溶液；④黑色：煤焦油乙醇溶液。
（2）标记规则：
①大、小鼠标号：通常在动物的不同部位涂上有色斑点来表示不同的号码，常用规则是在左前肢代表1、左后肢代表2、右前肢代表3、右后肢代表4，头部代表5，尾部代表10，1+5=6，……10+1=11，以此类推；
②兔、猫、犬等动物的标记：可用毛笔蘸取不同颜色的染料溶液直接在动物背部涂写号码，若用硝酸银溶液涂写，则需在阳光下暴露1分钟左右，才可在涂写处见到清晰的咖啡色号码字样，其颜色的深浅，决定于在日光下暴露时间的长短和日光的强弱。
2.断趾标记法
新生仔鼠和黑鼠可根据前肢4趾，后肢5趾的切断位置来标记，后肢从左到右表示1～10号，前肢从左到右表示20～90号，11～19号用切断后肢最后趾加后肢其他相应的1～9号来表示。切断趾时，应切断其1段趾骨，不能只断趾尖，以防伤口痊愈后辨别不清。此法亦可编成1～99号。
3.穿耳打孔法
用专门的打孔器，在耳朵的不同部位打孔或缺口来表示一定号码，是小鼠标记的常用方法之一。习惯上耳缘内侧打一孔，按前、中、后分别标为1号、2号、3号；若在耳缘部打成一缺口，则分别表示4号、5号、6号；若打成双缺口状，则是7号、8号、9号。右耳表示个位，左耳表示十位数。再加上右耳中部打一孔表示100，左耳中部打一孔表示200号。
4.烙印法
用刺数钳在动物耳上刺上号码，然后用棉签蘸着溶在乙醇中的墨黑在刺号上加以涂抹，适用于家兔等；犬等大动物，可将标记烙在皮肤上。烙印前最好对烙印部位预先用乙醇消毒，以避免局部皮肤感染。另外烙印法对实验动物会造成轻微伤害，必要时麻醉，以减少痛苦。
5.挂牌编号
此法简便实用，常用于犬、猴、猫等大动物的编号。将号码烙压在圆形或方形金属牌上，金属牌常用铝板或不锈钢制作，可长期使用。实验前，用铁丝穿过金属牌上的小孔，固定在狗链条上。也可将号码直接烙在动物的颈圈上，将此颈圈固定在动物的颈部。
