科学可视化具有较长的发展历史和广泛的应用领域，包括医学图像、地理信息和流体力学等有相应时空坐标的数据。一些软件通用于科学可视化领域的数据，如VTK、AVS等。另一些软件适用于科学可视化中的某些子领域，如医学图像领域的3D Slicer、地理信息领域的ArcGIS等。
（1）3D Slicer
3D Slicer是一个免费的、开源的、跨平台的医学图像分析与可视化软件，广泛应用于科学研究与医学教育领域。Slicer支持Windows、Linux和Mac OS等平台。Slicer支持包括医学图像分割、配准在内的很多功能，列举如下。
● 支持DICOM图像，并支持其他格式图像的读写。
● 支持三维体数据和几何网格数据的交互式可视化。
● 支持手动编辑、数据配准与融合和自动图像分割。
● 支持弥散张量成像和功能核共振成像的分析和可视化，提供图像引导放射治疗分析和图像引导手术的功能。
Slicer的实现全部基于开源工具包：用户界面采用强大的QT框架；可视化使用VTK；图像处理使用ITK；手术图像引导使用IGSTK；数据管理使用MRML；基于跨平台的自动化构建系统CMake实现跨平台编译。
（2）ArcGIS
ArcGIS是美国Esri公司开发的地理信息软件。ArcGIS通过基本的地图、地理信息，为用户提供方便快速的地理数据映射，并提供开发工具包为开发新的应用提供支持。ArcGIS可以将结果嵌入到Excel报表中，在微软Office程序中插入地理信息数据显示。
（3）Visualization Toolkit
Visualization Toolkit简称VTK（http://www.vtk.org/），是一个开源、跨平台的可视化应用函数库。它的主要维护者——Kitware公司创造了VTK，ITK，Cmake和ParaView等众多开源软件系统。VTK的设计目标是在三维图形绘制底层库OpenGL基础上，采用面向对象的设计方法，构建用于可视化应用程序的支撑环境。它屏蔽了在可视化开发过程中常用的算法，以C++类库和众多的翻译接口层（如Tcl/Tk、Java和Python类）的形式提供可视化开发功能。
● VTK具有强大的三维图形和可视化功能，支持三维数据场和网格数据的可视化，也具备图形硬件加速功能。
● VTK具有更丰富的数据类型，支持对多种数据类型进行处理。
● VTK的体系结构使其具有很好的流数据处理和高速缓存的能力，在处理大量的数据时不必考虑内存资源的限制。
● VTK支持基于网络的工具，如Java和VRML，其设备无关性使其代码具有可移植性。
● VTK中定义了许多宏，极大地简化了编程工作，并加强了一致的对象行为。
● VTK支持Windows和UNIX操作系统。
● VTK支持并行地处理超大规模数据，最多可处理1个PetaByte的数据。
VTK可广泛使用科学数据的可视化，如建筑学、气象学、生物学或者航空航天等领域，其中在医学影像领域的应用最为常见，包括3D Slicer、Osirix和BioImageXD等在内的众多优秀的医学图像处理和可视化软件都使用了VTK。
